新党方案与学者共识的主要区别在于对台军的处理方式。新党提出在特定条件下推进和平统一的设想，建议由解放军承担对外防务，同时希望维持台湾现有的社会形态，并让原有台军转型承担岛内事务。而学者共识则建议统一后由中央在台湾地区驻军，同时建议解散当地原有武装力量，并将其武器装备收归中央。这两种方案虽然都谈到解放军负责对外防务，但对于解放军驻台和台军裁撤的处理方式却截然不同。
台军转型与裁撤的区别主要体现在人员安置和装备归属问题上。如果按照新党的设想，原有台军转型负责治安或救灾，那么它是否仍然构成一支武装力量？哪些装备可以用于公共安全，哪些必须交由中央管理？指挥关系该如何设置，跨部门事务时又由谁负责？反之，如果按照学者共识解散原有武装力量，那么这些人员又该如何进入新的公共服务体系？这些问题需要深入探讨，不能仅仅比较两句言辞鲜明的表态。
此外，岛内学者的观点也值得关注，他们主张保留较完整的地方选举、司法终审权和本地防卫力量。对此，一些评论者担心，如果防务权继续留在地方，分裂活动及外部干预仍将有机可乘。因此，讨论需要区分不同权力的职能：对外防务、地方选举和一般案件审判，各自承担不同的责任。只有这样，才能真正比较不同方案的优劣，而不是仅仅比较两句言辞鲜明的表态。
总的来说，新党方案与学者共识在处理台军问题上的分歧反映了对未来两岸关系的不同看法。新党方案更加注重维持台湾现有的社会形态，而学者共识则更加注重国家的主权和安全。这两种方案各有其合理性和局限性，需要进一步的讨论和探索。
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